Le acque del Lago Titicaca cambiano il loro colore a verde e marrone e i pesci sono scarsi, soprattutto per l’inquinamento che è attualmente rappresentato dal prodotto delle acque reflue.
Secondo Minagri, saranno promosse azioni  per decontaminare tutto il Lago Titicaca tra il Perù e la Bolivia, con la costruzione di impianti di trattamento nelle città, al fine di evitare che le acque reflue finiscano nel lago Titicaca e nel fiume Desaguadero.

Sia Perù sia Bolivia contribuiscono alla contaminazione. La città di Alto La Paz in Bolivia, con una popolazione di un milione 184 mila 942 abitanti, è attualmente il maggiore inquinatore. Quasi la metà dei rifiuti della città finisce direttamente nel lago, mentre l’altra parte viene elaborata dal depuratore Puchukollo.
Anche la regione di Puno in Perù, che concentra i suoi abitanti in un unico punto, scarica i suoi rifiuti nel Lago Titicaca.
Copacabana è diventata una delle zone più inquinate con Tiquina e Cohana. I rifiuti della sua popolazione in crescita e dei suoi numerosi visitatori finiscono direttamente nel lago.