Hace tiempo las aguas del Lago Titicaca se volvieron a verdes y marrones y los peces escasean, todo dedibo principalmente a la contaminación que presenta actualmente producto de las aguas residuales
Según Minagri se impulsarán acciones para descontaminar el lago Titicaca en conjunto entre Perú y Bolivia, con la construcción de plantas de tratamiento en pueblos y ciudades, a fin de evitar que los desagües terminen en el lago Titicaca y río Desaguadero.

Ambos Perú y Bolivia contaminan. La ciudad de Alto La Paz en Bolivia, con una población de un millón 184 mil 942 habitantes es el gran contaminador en la actualidad. Casi la mitad de los desechos de esta ciudad iban a dar directamente al lago, mientras que la otra parte era usada principalmente por la planta de procesamiento de Puchukollo.
La región Puno en Perú, que concentra a sus habitantes en un solo punto, vierte también sus desechos en el lago Titicaca.
Copacabana se ha convertido en uno de los puntos más contaminados junto a Tiquina, y Cohana. Los desechos de su población creciente y la de sus numerosos visitantes van a parar directamente a lago.